「堤外の川水の脅威に備えつつ、堤内の悪水を堤外に排出しなければならない」
このことは、江戸初期に輪中が完成した後、明治の時代に至る200年以上の時が経過しても、解決できていない難題でした。逆に言えば、輪中とはその課題を解決しきれない時代においての、人々の最高の対抗策であったとも考えられます。明治時代になると、ヨハネス・イ・デレーケによる抜本的解決に向けた大事業・木曽三川分流工事が実施され、木曽三川の流れを切り分けて整えられたことで洪水の脅威は格段に低減することとなります。

木曽三川分流工事における福束輪中整備の計画では、今まで輪中内の悪水を排水していた大榑川を閉めきり上流側半分を埋め立て、残る下流側の部分を揖斐川と接続する幹線排水路として活用することとなっていました。輪中から堤外に排出する際、堤外の水位が高いと輪中内に水が逆流して洪水をまねくことは以前と変わりないので、揖斐川の水位が低い時には開門して排水し、水位が高い時には閉門して逆流を防ぐ逆水閘門（こうもん）を設置することになります。この閘門は明治36年（1903）に福束輪中南端の大榑川締切提に完成し、黄河の洪水を治めたという中国の伝説上の王にあやかって禹閘門（うこうもん）と名付けられました。

しかし、この施設は輪中の排水施設として必須のものではありながらも、揖斐川の水位が高い間は排水できないもので、悪水をため込む時間が長びくほど水稲が腐るなどの被害が出るという古来からの課題を抜本解決できるというものではありませんでした。その上、排水口が設置された地点の揖斐川はちょうど川の合流点で砂が堆積しやすく水位が上がりやすい地形だったため、設置から15年も経つと平常時でさえ排水に支障が発生するようになり、閘門自体も老朽化も進んでいました。そこで、大正10年（1921年）にレンガ造り（2代目）に改築、同時に揖斐川排水口付近の排水路を掘り進んで流れを良くしました。2代目禹閘門は見た目も立派で大変頑丈なものでしたが、昭和19年(1944年 )の昭和東南海地震と翌20年(1945年)の三河地震で被害を受けてしまい、昭和27年(1952)にコンクリート製閘門(3代目)に全面改築され、現在に至ります。

このように、自然排水である禹閘門の排水機能は、輪中の悪水排除を抜本的に解決できないことは早々に明らかとなり、時間の経過と共にたまり水による水害は悪化する状況にありました。そこで、明治40年(1907年)に福束新田、藻池新田、中郷新田、海松新田、大吉新田加入による仁木排水普通水利組合が結成され、揖斐川堤防のそばに蒸気排水機場が設置されることになりました。投入された機械は210馬力の蒸気原動機2台、吸込ポンプ4台で、1昼夜の稼働で福束輪中の水位を1寸3分（約4cm）低下させる能力を発揮し、大きな効果を発揮することになります。しかし、この蒸気排水機場が設置された場所は輪中内の悪水が集まる禹閘門前の幹線排水路よりだいぶ上流であり、禹閘門周辺地域のたまり水問題解消に効果を発揮することはできませんでした。

木曽三川分流工事から20年、土砂堆積によって禹閘門付近の揖斐川の水位は60cmも上昇していました。大正12年（1923年）の稲作期間中、輪中内下郷付近の水田では1mの出水が起こり、収穫ゼロの農家も発生して米作りを廃業しようとする状況でした。この年、国が大規模排水事業推進のための補助金交付を呼びかけ、福束輪中普通水利組合は早速電気排水機を設置することにします。その工事は翌13年(1924年）に、モーター2台と排水ポンプ4台を備えた電気排水機場として禹閘門近くに完成します。

この排水機場の完成によって、輪中全体の水田が深さ25cm以上の水に75時間以上浸かることはなくなりました。新たに203町歩（約2㎢）が排水されるようになり、7000石（約1262㎥）の水腐をなくし、一毛作が続いていた大半の水田で二毛作が出来るようになりました。さらに、禹閘門の排水能力低下に対応して昭和3年（1928年）モーター1台が追加されて排水能力はUPすることになります。

一連の電気排水による事業効果は、排水機設置前5年間と設置後5年間の米収穫量で比較してみれば一目瞭然でした。大正期から昭和初期にかけて、福束輪中には江戸時代より続く18の集落がありましたが、全ての集落で水田1反（約1㎢）の収穫量が大幅に増加しており、輪中全体でみると収穫量は電気排水機設置前の125％となったのです。これはとても大きな数字であり、電気排水機設置に要した地元負担金（総額の約4割）を1年分の増収利益分で償還できるほどのものでした。

しかし、ここに至っても輪中の排水の課題は完全に解決したわけではありませんでした。度々の集中豪雨の発生で輪中全体の湛水量は増加傾向にあり、中でも昭和36年(1961年)6月の集中豪雨は排水機設置以来最大規模のもので、堤防が破壊されたわけでもないのに仁木地区の低地部が湖となるほどの状況でした。戦前に設置された電気排水機は揖斐川の高水時には通常の半分以下の能力しか発揮できず、排水力が不十分だったのです。そこで、昭和37年（1962年）から6年にわたり、県による湛水防除事業が行われました。

この事業によって電気排水機場では既設モーターの出力が3割程度UPされたのに加え、新しい大口径ポンプ、さらには新設電動機の倍近い出力を持つディーゼルエンジン2台が追加設置され、馬力数合計で数えて当時全国5位に入る高出力を供えた排水機場が完成したのです。また、この排水機場につながる排水路である各江川も改めて整備され、ここに、新時代の排水設備は完成して現在に至ります。

なお、明治以降木曽三川周辺では、治水整備が進むにつれ、これまで地域としての強みであった地下水位が下がるという状況に陥り、頼りにしていた掘り抜き井戸も枯れるなど水不足に苦しむことが増えました。結果、排水機場を整備する一方で、川から農業用水を取水する為の揚水機場も必要となり、昭和34年（1959）に初めて福束の揖斐川沿いに整備され、以降、更新されて現在に至ります。そして、治水、排水、用水といった長年の課題が解決した時、かつて水の中で営まれていた輪中の環境は変貌しており、一般的な陸地の生活と同質のものとなっていったのです。